В СМИ и сети интернет появилась информация о том, что Севнаследие скрыло обнаружение останков храма на мысе Хрустальном. Управления охраны объектов культурного наследия города Севастополя сообщает, что остатки Церкви Иоанна Воина были обнаружены в процессе археологической разведки на мысе Хрустальном осенью 2021 года. Остатки церковного сооружения в октябре 2021 года были включены в качестве внутрикомплексного объекта в состав выявленного объекта культурного наследия «Форт Меншикова» с системой внутрикомплексных объектов». С конца 2021 года по настоящий момент на данном земельном участке ведутся археологические раскопки и исследование сохранивших остатков Церкви Иоанна Воина. В ходе археологической разведки, проведенной ранее, в период 2019 - середина 2021 года, остатки церковного сооружения не были выявлены.
На данный момент археологами зафиксированы отдельные элементы фундамента Храма Иоанна Воина, Апсиды (Алтаря) и лестница. В связи с тем, что найденные элементы Церкви Иоанна Воина являются сохраняемыми объектами археологии, планируется что они будут музеефицированы на существующих местах и отметках. В отношении сохранившихся объектов, таких как Апсида и Лестница, на период строительства объекта будут проведены защитные мероприятия. По окончании строительно-монтажных работ, эти сооружения будут раскрыты и экспонированы для посетителей музея. Окончательный вариант музеефикации в данный момент прорабатывается.